生物数学的分支学科较多，从生物学的应用去划分，有数量分类学、数量遗传学、数量生态学、微生物生理学和生物力学等。这些分支是数学与生物学不同领域相结合的产物，在生物学中有明确的研究范围。从研究使用的数学方法划分，生物数学又可分为生物统计学、生物信息论、生物系统论、生物控制论和生物方程等分支。这些分支与前者不同， 它们没有明确的生物学研究对象，只研究那些涉及生物学应用有关的数学方法和理论。
