秦始皇作为统一六国的旷世之君，他真的有派500童男童女去当时的日本吗？

纠正下！是带了3千童男童女！但是！这个这是个传说！还没有得到有效的证据证实！
据『日本国史略』提到：「孝灵天皇七十二年，秦人徐福来。（或云，徐福率童男女三千人，赍三坟五典来聘。福求药不得，遂留而不归。或云，止富士山。或云，熊野山，有徐福祠。）」说徐福带童男童女来日本修好，贡上三坟五典而寻求仙药，然而不得仙药，只等定居下来。在『富士文书』中则提道徐福来到日本，协助当地农民耕种，带来一些新的技术。然而『富士文书』一般被学界认为是伪书。
到达日本后，徐福再没有返回中国，而且没有得到长生不老药，担心秦始皇追杀，要求同行男女各自改姓成为「秦」、「佃」、「福田」、「羽田」、「福台」、「福山」等姓氏。巧合的是，连云港市现有云台山脉，姓氏都与山有奇特渊源。现在，日本和歌山县新宫市都还有姓秦的日本人，有些家门口楼上还仍然刻着「秦」字。
到了琉球群岛或是到了渤海湾中的一个小岛再到济州岛。于大海上遇到风暴失踪。有趣的是，由宇多天皇到龟山天皇，由天皇主祭徐福达80多次，直到明治维新才停止。

只是传说、没有史书记载。

恩，不过当时秦始皇不是派去日本，而是派徐福带这些小童去求仙丹，徐福直接就航向日本了...有逃跑的嫌疑...

是3000，那就是日本人的祖先了

日本列岛在3万年到5000年前就有人居住，称为“绳纹时代”。假如徐福年纪比黄帝（大约5000年前）还老的话，我们大可以相信日本人就是那3000童男童女的后代。