根据题干材料“第一朵乌云出现在光的波动理论上”，故拨开第一朵乌云的应该是爱因斯坦的相对论； 19世纪末，随着科学研究的不断深入，经典力学出现了危机， 题干的关键信息是“第二朵乌云出现在关于能量均分的麦克斯韦-玻尔兹曼理论上”．量子理论是指物体在发射辐射和吸收辐射时，以一定数值的整数倍进行能量交换．因此第二朵乌云导致了量子论的出现． 故选C．
