通常的做法如下
一般情况是表型差异的做case组和control组，一般做3个生物学重复（有一些老师为了省钱不做，现在很多杂志的要求生物学重复，如果是新物种可以考虑不做）
分析差异基因，现在卡的阈值一般情况是 倍数为2倍，统计学检测为P=0.05(有老师为了准确性以FDR卡统计学检测）
对差异基因做pathway和GO分析，基于信号通路与表型联系起来
举个例子，棉花中抗盐的两组的表达谱分析，找到与抗盐胁迫相关的信号通路，然后找关键基因座Q-PCR验证，如果有实验条件可以最关注基因做敲低表达或调高表达分析。
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