A、染色单体的交叉互换有两种类型：同源染色体上的姐妹染色单体的交叉和非同源染色体上的姐妹染色单体的交叉．同源染色体上的姐妹染色单体的交叉互换属于基因重组．非同源染色体上的姐妹染色单体的交叉属于染色体结构变异，故A正确；
B、若碱基对的增加在非编码区，不会引起氨基酸的改变，若在编码区影响是多样的，B错误；
C、染色体组整倍性变化，可能导致基因种类的减少，也可能不变，C错误；
D、基因突变、基因重组和染色体变异中只有基因突变能产生新基因，基因重组和染色体变异都没有产生新基因，D错误．
故选A．
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