学校实行的是董事会领导下的校长负责制，设有校委会、专家委员会和学术委员会。管理机构有：办公室、教务处、国际教育交流部、政工处、招生就业实习处、学生处、保卫处、财务管理中心、物业管理部、学员部（设有三个学员部）。
教学组织及业务部门有：医学系、口腔系、护理系、医学美容系、现代教育技术中心、图书馆、4个临床教学医院、白求恩职业技术学校、门诊部、肿瘤疑难病研究所、口腔医学研究院等。四个教学系编有公共课、外语、显微、机能、解剖、化学、中医、内科、外科、药剂、口腔基础、口腔外科、口腔内科、口腔修复、基础护理共15个教研室；临床教学编有内科、外科、妇产科、小儿科、五官科、预防医学、皮肤性疾病、医技、护理9个教研室。
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