内蒙古医科大学南校区位于呼和浩特市金山开发区金山大道(牛牛营村)，是该校的新校区，而老校区在回民区新华大街5号。设有基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、公共卫生学院、思想政治理论教研部、卫生管理学院(自治区卫生政策研究所)、外国语学院、计算机信息学院、护理学院（卫生技术学校）、体育教学部、研究生学院、继续教育学院、鄂尔多斯学院、口腔医学院等15个教学单位
