按照规定，从事农产品批发零售的纳税人销售的蔬菜和肉蛋禽（只针对猪牛羊）免征增值税。但是，免征增值税必须分开核算，且应当向国税局做免税备案。如果对方对于免税的蔬菜等，要求不免税，在3年以内不得再免税备案，可以开具增值税专用发票，税率11%。你公司取得该增值税专用发票，不能抵扣进项税额，应当认证后做进项税额转出。因为你公司销售蔬菜是免税的，是不得抵扣进项税额的。
关於农产品对方开具的专用发票标明的税率是可以抵扣的。
