A、观察图示可知，8个基因在染色体上呈线性排列，A正确；
B、果蝇是真核生物，其基因的编码区是不连续的、间隔的，所以基因中只有部分脱氧核苷酸序列能编码蛋白质，B正确；
C、基因突变是指基因中碱基对发生增添、缺失或替换，基因的数量没有发生变化．因此含红宝石眼基因的片段缺失，说明发生的不是基因突变而是染色体结构变异中的缺失，C错误；
D、基因中一个碱基对的替换，不一定会引起生物性状的改变，因为一个氨基酸可以有多个密码子决定，而且基因中存在不编码蛋白质的非编码序列，D正确．
故选：C．
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