二审是正确的。
因为本案的焦点是工伤认定。
而认定工伤的前提是建立劳动关系或事实劳动关系。
由于劳动局（仲裁委把？！）没有裁决存在劳动关系，所以导致无法进行工伤认定。
一审判决劳动关系成立，并支持了你关于工资及住院伙食费等的部分主张，应该属于胜诉。
你们因判决数额与诉求有差异提起上诉，二审只确认了劳动关系而驳回了其他诉求，是基于工资及住院伙食费等，系因工作中受伤导致的，应按照《工伤保险条例》第十七条、第二十一条的规定，申请工伤认定及劳动能力鉴定，最终根据认定及鉴定结果，享受相应的工伤待遇。
法院的意思是让你拿着判决书去社保局重新申报工伤认定，然后由社保局安排做伤残等级鉴定http://baike.baidu.com/view/2205931.htm，拿到鉴定等级后按《工伤赔偿标准》获得赔偿http://baike.baidu.com/view/2001275.htm#1_2
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