甲方应该列举证据，如通知乙方进行处理的工作联系单等书面上的东西！还有出现质量问题部位的影像资料！不过你说的少部分工程款是不是在维修款范围内，如果超出了可能甲方也没理的，乙方完全可以以甲方未及时拨付工程款为理由，而未进行质量问题的处理！
先进行调解，调解不成诉讼，不过这本来就是乙方的责任，甲方有权利不负完工程款。甲方可以要求乙方对不合格地方进行整改，整改合格后甲方应付剩余的款，整改不合格法院不支持付款。
甲方应该举证乙方违约、甲方拒绝付款的证据，如签证单、验收记录等
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