A、耀斑往往与太阳黑子同时出现，并且具有同样的变化周期，故不符合题意．B、太阳黑子和耀斑是太阳活动的重要标志，黑子活动增强的年份是耀斑频繁爆发的年份，黑子所在区域上方也是耀斑出现频率最多的区域，太阳黑子数目多的年份称为太阳活动高峰年，故正确．C、太阳黑子和耀斑多少变化周期都大约是11年，故不符合题意．D、太阳大气层从里向外分为光球、色球和日冕三层，黑子出现在光球层，耀斑出现在色球层，故不符合题意．故选：B．
