A、耀斑往往与太阳黑子同时出现，并且具有同样的变化周期，故不符合题意；B、太阳黑子的多少和大小，可以作为太阳活动强弱的标志，故正确；C、太阳黑子多少的变化周期大约为11年，耀斑多少的变化周期为几分钟到几十分钟，故不符合题意；D、太阳大气层从里到外分为光球、色球和日冕三层，黑子发生在光球层，耀斑发生在色球层上，故不符合题意．故选：B．
