都可以。
依据「汉典」的解释：
起航：http://www.zdic.net/cd/ci/10/ZdicE8ZdicB5ZdicB7352133.htm
启航：http://www.zdic.net/cd/ci/7/ZdicE5Zdic90ZdicAF106718.htm
两词都是「开始航行」的意思。
虽然《现代汉语词典》只收「起航」，但「起运」和「启运」是两词皆收的。可见两字相通，都是可以用的。
都是表示开始航行的意思，如果真要分哪个更确切，那么是启航更有诗意。
都行的 都表示开始的意思
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