植物的结构主要有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核、液泡等.见光部分的细胞还含叶绿体.动物细胞的结构主要有细胞膜、细胞核、细胞质;衣藻属于单细胞藻类植物,具细胞壁、细胞核、叶绿体和大液泡等结构,草履虫是动物细胞没有细胞壁、叶绿体和大液泡;所以衣藻有而草履虫没有的结构是细胞壁和叶绿体.故选:B.