A、细胞分化就是指细胞在形态、结构和功能上发生稳定差异的过程，A正确；B、亚显微结构水平就是细胞器水平，细胞的功能与细胞器的种类和数量密切相关，B正确；C、从蛋白质分子的角度分析，细胞分化是蛋白质种类、数量、功能改变的结果，C正确；D、细胞分化过程细胞中遗传物质不发生改变，D错误．故选：D．
