历史原因吧，也不能说给或者不给。东南大学前身南京工学院是中央大学最大的院系，留在原址即现在的东大四牌楼校区；南京大学前身则是中央大学剥离其他诸多系科之后的文理院系加金陵大学组合而成，留在金陵大学校址即现在的南大鼓楼校区。
可能是把文科给南大了，把工科类给南京工程院了，后来改为东南大学了
