A、洋葱根尖分生区的细胞没有成熟的大液泡，不能用来观察质壁分离，A错误；B、胰蛋白酶本质是蛋白质，由C、H、O、N组成，没有P元素，B错误；C、探究细胞大小与物质运输效率的关系也需要设置对照组，C错误；D、RNA主要分布在细胞质中，DNA主要分布在细胞核中，故细胞内染成红色的面积显著大于染成绿色的面积，D正确．故选：D．
