普通的少年阿飞在玩口袋妖怪的游戏中被神秘神兽带到了神奇宝贝的世界,并幸运的认识了第一只神奇宝贝伙伴伊布,从此开始了自己成为神奇宝贝大师的旅行。
结交新的伙伴,跟邪恶组织战斗,成为道馆训练家,拿冠军,主角没有最强,却会更强!挑战神兽,并努力收服神兽,开创一段传奇! 阿飞
男主角, 生于现实世界,原23岁,被带到神奇宝贝世界后10岁。不知因为什么而穿越时空被带到了神奇宝贝世界,从此他变成了这部动画的主角,所有的剧情也因它的出现而改变了。
小米
女主角, 生于真新镇,10岁。一直与阿飞在一起旅行,和他一起冒险。
小智
男副角(因阿飞的出现), 生于真新镇,10岁。他朝气蓬勃,目标是成为世界第一的小精灵大师。他有骨气,有自信,不会半途而废,有毅力,总是坚持到底,凭着一份信任小精灵的心态参加了多次联盟大会,最终他取得了一次次辉煌的成绩........
小霞
可爱,善良是她的性格,外加一点泼辣,但是小霞泼辣的原因不是为了小智就是遇到讨厌的人或一些不公平的事,其实还是很温柔的女孩,属于成熟型。目标是水系小精灵大师,虽然经验不是很多,但是很坚强,有自信,十分有战斗力。城都联盟篇之后顶替姐姐任浅蓝市(或华蓝市、花篮市)道馆馆主。
小刚
小刚曾是深灰市的道馆馆主。他与小智打完道馆赛后,多次与小智一起旅行。目标是小精灵饲育家的他很擅长家务和料理,而且比其他人更了解小精灵的知识。小刚很迷恋年龄比他大的女生,不过每次都被拒绝。 火箭队也译火箭兵团,每集都会密切登场,可爱又迷人的反派角色。火箭队时常以华丽姿态出场,他们为了防止世界被破坏,为了维护世界的和平,可要继续贯彻爱与真实的邪恶喔!
团员为
武藏:(梦想成为女明星,女演员,泼辣)
小次郎:(原来是豪门子弟,后为躲避未婚妻路米嘉和父母的逼婚,从此离家出走加入了火箭兵团)
喵猫:(曾为了一只女喵猫顽强地学会了只用两条腿走路、说话,后来为了那只女喵猫和一个猫老大打架,虽然打赢了猫老大,但是却发现那只女喵猫喜欢的是猫老大)。
火箭队的台词
既然你诚心诚意地发问了,那我就大发慈悲地告诉你吧,为了防止世界被破坏,为了守护世界的和平,贯彻爱与真实的邪恶,可爱又迷人的反派角色,武藏,小次郎,我们是穿梭在银河之间的火箭兵团,白洞,白色的明天在等着我们,就是这样,喵~(注:此台词在TV版中变化过多次,在此不详细写)
超世代:听到有人说(略),从地平线的那边,大爆炸的那边,传来我们呼唤的声音,各位久等了,勇敢盛开的恶魔之花, 全心倾入的不停工作,武藏,小次郎,还有喵喵怪。只要有火箭兵团的地方,世界,宇宙,在等着你!
钻石珍珠:听到了(略)的声音!就会马上以光速赶来!风儿啊!大地呀!蓝天呀!危险啊降临到这个世界吧!危机啊在宇宙中穿梭吧!它的名字可以用天使或恶魔来呼唤,让任何人都为之震撼而迷惑的声响!武藏,小次郎,我是喵喵,我们就是这个时代的主角!我们是无敌的火箭兵团!(注:经常会根据情况变化,翻译有多种。) 小茂
小茂是阿飞和小智的宿敌,并且又是大木博士的孙子。他也是生于真新镇,10岁,很受女孩子欢迎,时常开这一辆车载着许多美女,不过这已经成为历史,到了后来出现总是自己一个人。他最初也是想成为宠物小精灵大师,后来在旅途中发现自己的爱好是研究小精灵,所以一个人又朝着神奥地区(亦译作:新奥地区、新樱地区)前进,奋斗目标是小精灵研究员。
大木博士
全名大木雪成。是关东地区的神奇宝贝博士,他会送给训练家妙蛙种子、小火龙和杰尼龟三者之一作为他们的初始小精灵。仍在TV版的结尾主持小精灵讲解栏目
坂木
火箭队的创始人之子,是火箭队现任首领。曾是常磐道馆的馆主,另外旗下还经营有很多的公司、游乐场等等。
夏伯
红莲道馆原馆主,有时戴着假发(因为是个光头),后阿飞顶替了他。
小唯
活泼可爱,夏伯的孙女,一心想夺回红莲道馆馆主的位子(不过还差得远呢),阿飞的徒弟。
玲玲
原来是火箭队的一员,后来离开了火箭,她的爷爷是火箭的的高级干部,并且创造了梦幻。后来他和阿飞、小米一起旅行。