区别主要在合同条款上。03版是独立的《范本》，其合同条款就是“通用合同条款”，根据各工程性质再编制“专用合同条款”，在合同条款上有二层关系。09版以国家九部委联合编制的《标准施工招标文件》合同条款为“通用合同条款”，09版的合同条款属于公路行业“专用合同条款”，根据各工程性质再编制“项目专用合同条款”，在合同条款上有三层关系。
