甲藻的繁殖以细胞纵裂为主,少数种类能产生游动孢子、不动孢子和厚壁休眠孢子。
多甲藻属形体示意图
近年来,由于近海水域的富营养化,导致甲藻爆发式的增长繁殖(如夜光藻、海洋原甲藻等),形成水华,使水变色,发出腥臭味,形成赤潮。甲藻密度过大后又造成死亡藻体滋生腐生细菌,使水中溶解氧急剧下降,并产生甲藻毒素,对鱼虾贝类危害较大。另外,通过无脊椎甲壳类动物,如蚝、牡蛎等富集甲藻细胞的动物所释放的毒素,也会对人类产生危害。甲藻死亡后沉积海底,成为古生代油地层中的主要化石,因此,在石油勘探中,常把甲藻化石作为依据。