A、分子和原子不能比较大小，有的分子比有的原子大，有的原子比有的分子大，故A错；B、分子是保持物质化学性质的最小粒子，故B错；C、构成物质的基本微粒有：分子、原子、离子，故C正确；D、在化学反应中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，所以原子是化学变化中的最小粒子，即在化学变化中原子是不可分的，故D正确．故选CD．
