（1）根据题意，氧传感器及计算机用于监测瓶中 O2浓度的变化，抽空叶肉细胞间隙内的气体，可排除原有气体对实验结果的干扰．实验中加入少量NaHCO3，随着时间的推移，CO2浓度逐渐降低，致使CO2供应不足，光合作用速率下降．CO2是暗反应中合成三碳化合物的原料，CO2供应不足导致叶绿体中三碳化合物的含量降低．
（2）将该装置用来探究CO2是否为光合作用的原料，则还应该再增加一个装置作为对比实验，即将NaHCO3溶液换成等量的1%NaOH溶液，其他条件同该装置．
（3）研磨叶片时加入碳酸钙是为了防止研磨过程中色素受到破坏．叶黄素位于色素层析条带的第2条，故用纸层析法分离叶黄素缺失突变体叶片中的色素，色素层析条带分离结果是B．
故答案为：
（1）排除原有气体对实验结果的干扰 CO2不足 三
（2）将NaHCO3溶液换成等量的1%NaOH溶液，其他条件同该装置
（3）色素被破坏 B
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