从《土地法》和有关法规的规定上，是不允许土地使用权和地上建筑物的产权分离（即俗称的“两证分离”）。但是在实践中，确实有两证分离的现象。最常见的情况是学校以非教学设施用地使用权出资，而地上建筑完工后的产权登记在开发商名下。你说的这种情况能否实现两证分离取决于2个条件：1、甲公司同意；2、当地的国土资源政策允许。（可能是地方国土资源局文件的形式）
