请问下，我妈妈生病住院（在农村合作医疗指定医院），现在出院后报销医药费结果不给报销！

国家新型农村合作医疗政策规定，农村居民参合必须以户为单位整户参加，也就是一家户口本上有几人必须全部参加，否则不能参合，更不能享受新农合政策，其目的是为防止少数居民偷机取巧，只让老弱病残这一类患病率高的群体参合，而青壮年不参加，加大了基金管理和使用风险，不利于新农合制度的健康运行。但象你的这种情况，陕西规定“参军、大中专学生等已参加国家医保的不计算在参合范围”，即如果你已参加医保，只要给当地新农合经办机构提供你的《医疗保险证》即可。不必须要求你必须参加，因为即使你参加，有病住院也只能享受一种国家福利政策。

你提的问题有点混淆，希望你能明确下。
“合作医疗”全称是“新型农村合作医疗”，是农业户口的人才能参加的，叫“医疗卡（或者医疗本、医疗证）”；“医保”或者“医疗保险”的全称，叫“城镇职工基本医疗保险”，是社保的一个项目，称为“医保卡”。这两个是不同的概念。
合作医疗费用的收缴，采取农民自愿原则，不得采取强制措施。而且每年只收一次钱，每年的大概11月份收下一年的费用。不能同时参加农合和医保，换句话说，即使你同时两个都参加了，到报销时你也只能报其中的一个，因为二者的费用都是由国家补助的，不可能让你住一次院，国家补助你两次。
无论你家谁参加的是合作医疗，或者谁交的医疗保险，与其他人都是没有关系的。即使是以户为单位收钱的地方也不行。农合的政策是，我今年想交就叫，我明年不想交，就可以不交钱了。
可能你们当地是为了方便管理和收费，可以理解。我们这执行的就是自由缴费政策，A家有5口人，今年交4个，明年变成3个，后年又4个...这样确实不方便管理。而执行漏户不漏人政策却可以省去很多这样的麻烦。

社保政策的规定是各地有异的，你说的情形我确实没有听说过。但有一种可能，也就是说你的户口在老家，而当地社保政策规定必须以户为单位进行农村合作医疗保险的缴纳，只能这么理解。
你如果不放心，可以咨询当地社保12333热线，以他们的回答为准。

这是非法的，可以投诉，医保一人管一人，跟你没关系。