购房协议代签是否有效？

听你的介绍，你应该是通过中介买的二手房吧。房产产权买卖交易，必须是房屋产权人本人签字。因为不知道具体情况，我也不好下判断。
如果房主没有签字，补一下就可以了，这是非正常操作，不合法，但是合理。原则上讲，只要找的是正规中介，风险不会太大。
只能给你一些建议：

首先，要找当地正规的房产中介办理相关手续，这样风险会降低，操作起来也会有保障。（收费不会差多少的）

其次，要清晰房屋产权人是谁，是一个人的，还是夫妻共有的。（房本上有体现）

再一个，就是为什么房屋产权人本人没有来签合同。可能会有以下情况：

1.房主本人在外地、国外或者其他意外，确实不能本人到场的，可以让房主本人出一份委托书（手写一份就可以，说明不能来的原因，委托的人，还有双方的身份证复印件）
2.房主死亡，继承人依次为配偶、子女、父母、其他亲人等等，那就应该先去当地房管局办理继承手续，不麻烦，交了工本费，土地出让金，个人所得税，就可以了，但是要提供证件，公证书（关系证明，死亡证明等）。

最后呢，假如交易有风险，明确三方的责任和义务是什么，必须白纸黑字写到合同上，方便以后有纠纷，告起来有依据。

还有很多细节问题，因为我不知道具体情况，有问题随时再提问吧！祝你们好运了！