2000年5月13日,普京以第849号总统令将俄罗斯联邦89个联邦主体划分为七个联邦管区(федеральный округ/Federal'nyj Okrug),使联邦中央与联邦主体之间增加了一个管理监督机构。分别是:中央联邦管区(Центральный федеральный округ)、西北联邦管区(Северо-западный федеральный округ )、北高加索联邦管区(Се́веро-Кавка́зский федера́льный о́круг)、伏尔加联邦管区(Приволжский федеральный округ)、乌拉尔联邦管区(Уральский федеральный округ)、西伯利亚联邦管区(Сибирский федеральный округ)和远东联邦管区(Дальневосточный федеральный округ)。
2000年6月23日, 俄罗斯总统普京下令将北高加索联邦管区更名为南部联邦管区(Южный федеральный округ),原因是它包含并非正式属于北高加索的若干地区。
2010年1月19日将北高加索地区析出南部联邦管区,重新设置为北高加索联邦管区(Се́веро-Кавка́зский федера́льный о́круг)。
2014年3月21日,俄罗斯总统普京签署命令成立克里米亚联邦管区, 但其下辖主体克里米亚共和国和塞瓦斯托波尔直辖市因独立公投入俄而未得国际社会普遍承认。