土地增值税在清算时，是按核算对象或单位来进行的。清算时允许扣除的营业税金及附加，是各清算对象的销售配比的，是按应缴的营业税来扣除的，少缴的营业税是企业的欠缴，不影响清算。只要按清算的结算表进行补缴税款就行了。
