根据五界系统，蓝藻与 草履虫都属于真核生物，而不是原核生物。真核细胞构成的生物。包括原生生物界、真菌界、植物界和动物界。蓝藻与草履虫属于其中的原生生物界。蓝藻曾经划为植物（藻类植物），但现在并不把藻类作为植物的一个类别，因为它比较复杂。现在并不认为蓝藻是植物。
