烟草专卖行政主管部门对持证人进行“责令停业整顿、直至取消其烟草专卖业务的资格”是由行政法规赋予烟草专卖许可证的发证机关的一项行政管理措施，它不是行政处罚。也就是说，被许可人因违反国家法律、行政法规、规章等规定，被发证机关责令暂停烟草专卖业务、进行整顿，其法律后果是在停业整顿期间不得继续从事烟草制品零售业务。持证人应当在停业整顿期间，积极进行整改，消除引起停业的因素，纠正违法行为。
但如果，持证人在停业整顿期间未积极整改，反而继续非法从事烟草制品零售业务的，发证机关可以依据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》（行政法规）第十四条第一款规定，《烟草专卖许可证管理办法》第四十四条规定和第二十五条第三项等规定，有权依法其取消持证人从事烟草专卖业务的资格。同时，三年内依法作出不予发放烟草专卖零售许可证的决定。
因此，建议当事人在责令停业整顿期间，应当配合好行政主管部门的工作积极进行整改，尽早恢复营业才是上策之计。
参考资料内容如下：
《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》（行政法规）第十四条 烟草专卖许可证的发证机关可以定期或者不定期地对取得烟草专卖许可证的企业、个人进行检查。经检查不符合《烟草专卖法》和本条例规定条件的，烟草专卖许可证的发证机关可以责令暂停烟草专卖业务、进行整顿，直至取消其从事烟草专卖业务的资格。
烟草专卖许可证的具体管理办法，由国务院烟草专卖行政主管部门根据本条例的规定制定。
《烟草专卖许可证管理办法》（工业和信息化部令第37号）
第四十四条有下列情形之一的，发证机关可以责令持证人暂停烟草专卖业务、进行整顿，直至依法取消其从事烟草专卖业务的资格：（一）经检查不符合烟草专卖法、烟草专卖法实施条例及本办法规定条件的；
第二十五条有下列情形之一的，不予发放烟草专卖零售许可证：（三）取消从事烟草专卖业务资格不满三年的；
没有办法，只能是一方面让烟草证尽快恢复，另一方面到市场上去寻找货源
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