荧光定量PCR和半定量RT-PCR都可以用来检测基因的表达量的，但二者检测的东西多少有些不同。荧光定量PCR是在PCR反应体系中加入可以和双链DNA特异性结合的荧光染料（sybr green）或者和目的DNA片段结合的荧光探针（taqman)，通过监控PCR过程中的荧光的变化，并且和某些管家基因的荧光变化进行对比反应出目标基因的表达量。荧光定量PCR的主要有效数据是荧光信号增长到最大值的一半时的时间。半定量RT-PCR则是通过RT-PCR最终产物电泳后电泳条带的明暗来间接反应出原始模板的丰度。荧光定量PCR因为是全程监控PCR扩增的变化，并且能够同管家基因的扩增曲线进行相对定量，而将基因的表达量数值化，准确度高于半定量RT-PCR。半定量RT-PCR因为是监控的最终产物，而在基因表达水平很高的时候，PCR体系很可能在反应中后期就饱和了，所以对于高水平表达的基因来说，用半定量RT-PCR并不能很准确的说明问题。但是如果要发表比较高档次的论文的话，某些变态的老外审稿并不认可单一的荧光定量PCR的结果，他们会同时需要作者做一个半定量RT-PCR来作为辅助证明。
半定量RT-PCR的引物和荧光定量PCR的引物设计原则并不是一样的，换而言之，二者的引物并不是可以通用的。所以退火温度自然是不同的，具体怎么不同，要根据实际用到的引物去算。
荧光定量比半定量更加准确，半定量做不了绝对定量，一般来说荧光定量的退火温度更高一些，但可以一样。
荧光PCR的退火温度高一些
荧光定量比半定量更加准确
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