光学显微镜只能看到细胞和部分细胞器，如线粒体和叶绿体，但只能看到其存在，看不到细胞器的具体结构（如叶绿体的基粒、线粒体的脊就不能看到）电子显微镜可以看到细胞器的精细结构，甚至可以看到病毒这种最小生物的结构，更甚至可以看到大分子，如蛋白质
电子显微镜是利用电子与物质作用所产生之讯号来监定微区域晶体结构，微细组织，化学成份，化学键结和电子分布情况的电子光学装置。常用的有透射电子显微镜和扫描电子显微镜。与光学显微镜相比电子显微镜用电子束代替了可见光，用电磁透镜代替了光学透镜并使用荧光屏将肉眼不可见电子束成像。
光学显微镜用得是普通的光线，利用光学原理，把人眼所不能分辨的微小物体放大成像，以供人们提取微细结构信息的光学仪器。
电子显微镜的放大倍率大，价格很贵，制样麻烦，成像不能用肉眼看，必须电脑成像。
光学显微镜是普通光，放大倍率最高几千倍，价格相比便宜，可以肉眼直接观察也可以电脑成像。
不能单单说看什么，不管是生物还是工业都是可以应用的
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