1、带“★”与加粗文字表示1小时以上的特别篇，带“◆”表示动画原创，即漫画原作中没有的，B：出现黑衣组织，F：出现FBI，C：出现CIA，S：出现工藤新一，X：出现服部平次，K：出现怪盗基德。
1996年（1－42）
1 云霄飞车杀人事件B/S
2 董事长千金绑架事件
3 偶像密室杀人事件
4 大都会暗号地图事件
5 新干线大爆破事件
6 情人节杀人事件◆
7 每月一件礼物威胁事件
8 美术馆杀人事件
9 天下第一夜祭杀人事件
10 足球选手恐吓事件
11 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
12 步美被绑事件
13 奇怪的寻亲杀人事件
14 谜样的讯息狙击事件◆
15 消失的尸体杀人事件
16 古董收藏家杀人事件
17 百货公司挟持事件◆
18 六月新娘杀人事件
19 电梯杀人事件◆
20 鬼屋杀人事件
21 电视台外景队杀人事件◆
22 豪华客轮连续杀人事件（前篇）
23 豪华客轮连续杀人事件（后篇）
24 丧失记忆的美女事件◆
25 真假人质绑票事件◆
26 爱犬约翰杀人事件◆
27 小五郎同学会杀人事件（前篇）
28 小五郎同学会杀人事件（后篇）
29 计算机杀人事件◆
30 不在场证明杀人事件◆
31 电视台杀人事件
32 咖啡厅杀人事件
33 侦探团生还事件◆
34 山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
35 山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
36 星期一晚上7:30杀人事件◆
37 仙人掌花杀人事件◆
38 赤鬼村火祭杀人事件
39 企业家千金杀人事件（前篇）
40 企业家千金杀人事件（后篇）
41 优胜锦旗被割事件◆
42 卡拉OK厅杀人事件
1997年（43－85）
43 江户川柯南诱拐事件
44 堀田三兄弟杀人事件◆
45 敷面膜杀人事件◆
46 雪山山庄杀人事件
47 健身俱乐部杀人事件◆
48 外交官杀人事件（前篇）X
49 外交官杀人事件（后篇）X/S
50 图书馆杀人事件
51 高尔夫练习场杀人事件◆
52 雾天狗传说杀人事件★
53 神秘凶器杀人事件◆
54 电玩公司杀人事件B
55 列车手法杀人事件◆
56 清洁车杀人事件◆
57 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）X
58 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）X
59 首次跑腿杀人事件◆
60 插画画家杀人事件
61 幽灵船杀人事件（前篇）◆
62 幽灵船杀人事件（后篇）◆
63 大怪兽哥梅拉杀人事件
64 第三个指纹杀人事件◆
65 螃蟹和鲸鱼绑架事件◆
66 夜路杀人事件◆
67 舞台女演员杀人事件◆
68 暗夜男爵杀人事件（事件篇）
69 暗夜男爵杀人事件（疑惑篇）
70 暗夜男爵杀人事件（解决篇）
71 米花之狼杀人事件◆
72 三胞胎别墅杀人事件
73 少年侦探队遇难事件◆
74 死神阵内杀人事件◆
75 金融公司社长杀人事件
76 柯南对怪盗基德★K
77 名门连续惨死事件（前篇）X
78 名门连续惨死事件（后篇）X
79 银行强盗杀人事件◆
80 流浪画家杀人事件◆
81 当红歌星绑架事件（前篇）
82 当红歌星绑架事件（后篇）
83 综合医院杀人事件◆
84 滑雪别墅杀人事件（前篇）
85 滑雪别墅杀人事件（后篇）
1998年（86－128）
86 诱拐现场特定事件◆（该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》改编，并非青山刚昌的原作）
87 白鹤报恩杀人事件◆
88 德休拉别墅杀人事件（前篇）◆
89 德休拉别墅杀人事件（后篇）◆
90 花香杀人事件◆
91 抢匪住院事件
92 恐怖登山杀人事件（前篇）◆
93 恐怖登山杀人事件（后篇）◆
94 雪女传说杀人事件◆
95 小五郎约会杀人事件◆
96 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★
97 离别美酒杀人事件◆
98 名陶艺家杀人事件（前篇）
99 名陶艺家杀人事件（后篇）
100 初恋情人回忆事件（前篇） 101 初恋情人回忆事件（后篇）
102 古装演员杀人事件（前篇） 103 古装演员杀人事件（后篇）
104 盗贼集团别墅事件（前篇） 105 盗贼集团别墅事件（后篇）
106 新闻照片杀人事件◆
107 鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆ 108 鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
109 侦探团大追击事件◆
110 烹饪教室杀人事件（前篇）◆ 111 烹饪教室杀人事件（后篇）◆
112 帝丹小学七大离奇事件
113 白色海滩杀人事件◆（该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》改编，并非青山刚昌的原作） 114 有氧潜水杀人事件（前篇） 115 有氧潜水杀人事件（后篇）
116 推理小说家失踪事件（前篇） 117 推理小说家失踪事件（后篇）X
118 浪花连续杀人事件★X
119 假面超人杀人事件◆
120 蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
121 浴室密室事件（前篇） 122 浴室密室事件（后篇）
123 天气预报小姐绑架事件◆
124 神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆
125 神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆
126 旅行戏团杀人事件（前篇）◆ 127 旅行戏团杀人事件（后篇）◆
128 黑衣组织10亿元抢劫事件◆B
1999年（129－173）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★B
130 竞技场一视同仁胁迫事件（前篇） 131 竞技场一视同仁胁迫事件（后篇）
132 魔术爱好者杀人事件（事件篇）K133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）K 134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）K
135 消失的凶器搜索事件◆
136 蓝色古堡探索事件（前篇） 137 蓝色古堡探索事件（后篇）
138 最终播映杀人事件（前篇） 139 最终播映杀人事件（后篇）
140 SOS！步美传达的讯息◆
141 结婚前夕密室事件（前篇）X 142 结婚前夕密室事件（后篇）X
143 疑惑的天体观测◆
144 上野出发的北斗星3号（前篇） 145 上野出发的北斗星3号（后篇）
146 总局刑警恋爱物语（前篇） 147 总局刑警恋爱物语（后篇）
148 路上电车紧急刹车事件◆
149 游乐园高空弹跳事件◆
150 汽车爆炸事件的真相（前篇）◆ 151 汽车爆炸事件的真相（后篇）◆
152 神秘老人失踪事件◆
153 园子危险的夏日物语（前篇） 154 园子危险的夏日物语（后篇）
155 水中钥匙密室事件◆
156 总局刑警恋爱物语2（前篇） 157 总局刑警恋爱物语2（后篇）
158 沉默的环状线◆
159 诡异的五重塔传说（前篇）◆ 160 诡异的五重塔传说（后篇）◆
161 流经流水亭的杀机◆
162 飞天密室 工藤新一最初的事件★S
163 月亮、星星与太阳的秘密（前篇） 164 月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165 少年侦探队消失事件◆
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）X 167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）X 168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）X
169 维纳斯之吻◆
170 黑暗中的死角（前篇） 171 黑暗中的死角（后篇）
172 复活的死亡讯息（前篇） 173 复活的死亡讯息（后篇）
2000年（174－218）
174 二十年的杀意 交响乐号连续杀人事件★
175 惨遭四次杀害的男子◆
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）B 177 与黑暗组织的再会（柯南篇）B 178 与黑暗组织的再会（解决篇）B
179 咖啡厅卡车撞入事件◆
180 红色杀机梦幻曲（前篇）◆ 181 红色杀机梦幻曲（后篇）◆
182 九道门大搜查◆
183 危险的食谱◆
184 诅咒假面的冷笑★◆
185 名侦探遇害记（前篇）◆ 186 名侦探遇害记（后篇）◆
187 黑暗中传来的神秘枪响◆
188 生死一瞬间 侦探队洞窟遇难记 189 生死一瞬间 名侦探负伤记X 190 生死一瞬间 第三个选择X 191 生死一瞬间 黑衣骑士X/S 192 生死一瞬间 新一回来了X/S 193 生死一瞬间 约定的地点S
194 别有玄机的八音盒（前篇） 195 别有玄机的八音盒（后篇）
196 看不见的凶器 小兰的初次推理◆
197 超级跑车的陷阱（前篇）◆ 198 超级跑车的陷阱（后篇）◆
199 毛利小五郎涉嫌记（前篇） 200 毛利小五郎涉嫌记（后篇）
201 第十位乘客（前篇）◆ 202 第十位乘客（后篇）◆
203 黑色伊卡洛斯之翼（前篇）◆ 204 黑色伊卡洛斯之翼（后篇）◆
205 总局刑警恋爱物语3（前篇） 206 总局刑警恋爱物语3（后篇）
207 太顺利的推理◆
208 通往迷宫的入口 巨大神像的愤怒★◆
209 龙神山坠崖事件◆
210 五彩传说的水中豪宅（前篇）◆ 211 五彩传说的水中豪宅（后篇）◆
212 蘑菇、熊与侦探队（前篇） 213 蘑菇、熊与侦探队（后篇）
214 怀古饭店的神秘事件◆
215 复仇海滩（前篇）◆ 216 复仇海滩（后篇）◆
217 目暮警官尘封在内心里的秘密（前篇） 218 目暮警官尘封在内心里的秘密（后篇）
2001年（219－262）
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★S/K
220 满口谎言的委托人（前篇） 221 满口谎言的委托人（后篇）X
222 人鱼失踪记（事件篇）X 223 人鱼失踪记（推理篇）X 224 人鱼失踪记（解决篇）X
225 生意兴隆的秘密◆
226 格斗游戏的陷阱（前篇） F 227 格斗游戏的陷阱（后篇） F
228 暗藏杀机的陶艺教室（前篇） 229 暗藏杀机的陶艺教室（后篇）
230 神秘的乘客（前篇）B/F 231 神秘的乘客（后篇）B/F
232 公寓坠楼事件◆
233 未消失的证据（前篇） 234 未消失的证据（后篇）
235 地下酒窖密室◆
236 南纪白滨的神秘之旅（前篇）◆ 237 南纪白滨的神秘之旅（后篇）◆
238 大阪3K事件（前篇）X 239 大阪3K事件（后篇）X
240 新干线护送事件（前篇）X 241 新干线护送事件（后篇）
242 元太的灾难
243 毛利小五郎的冒充者（前篇） 244 毛利小五郎的冒充者（后篇）
245 向日葵馆的枪声◆
246 网中谜（前篇） 247 网中谜（后篇）
248 疗养森林的不在场证明◆
249 偶像们的秘密（前篇） 250 偶像们的秘密（后篇）
251 OK牧场的悲剧◆
252 画中的绑匪◆
253 总局刑警恋爱物语4（前篇） 254 总局刑警恋爱物语4（后篇）F
255 松江玉造连句大战十四回合（前篇）◆ 256 松江玉造连句大战十四回合（后篇）◆ 257 匪夷所思的天谴◆
258 来自芝加哥的男子（前篇）F 259 来自芝加哥的男子（后篇）F
260 摇晃的餐厅◆
261 雪夜的恐怖传说（前篇）◆ 262 雪夜的恐怖传说（后篇）◆
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