快递清关，主要是货主把货给到快递公司，由快递公司办理进/出口清关手续。清关时间一般比较快。但是，进口如果需要向海关交税的话，海关税票上的抬头快递公司的，而快递公司会开具自己公司的发票，向货主收取，出口则不能退税。
普通清关，货主提供相应的合同、发票、装箱单等单据，以自己（可委托货运代理）的名义向海关申报进出口清关手续。这种操作，进口需要交税的话，需自己（可委托货运代理）去向海关交税。同样，海关出具的税票则是货主的抬头，而出口的话，可以办理退税。
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