一、仲裁委的《不予受理申诉通知书》仅仅表明该案件已经经过仲裁程序,当事人可以持通知书到人民法院起诉;
二、法院可以受理,但经审理查明确实超过仲裁时效的,应该驳回诉讼请求.也就是当事人有诉权,但不会胜诉.
法院受理与对方胜诉完全是两个概念,不必担心。如果情况如你所说,劳动争议的诉讼时效只有60天,在经过60天后即便权利受到侵害也不能得到法律的保护。
补充:
1。你所说的最高法解释是针对“工资”而你们的情况是“社保”,所以不适用。更何况对方在正义期间根本没有提供正常劳动,不符合该解释的对象。
2。既然你们之间有协议,而且约定明确,那么该劳动关系的解除也应该没有异议,所以(二)也不适用。