由于伊莎贝尔鲜明的个性和魅力,使人们极易过高的评价她在历史上的影响。她的业绩也许首先在于支持了哥伦布探险,然而,哥伦布的航行具有很大的偶然性,向西寻找印度新航道也许仅仅是出于哥伦布的个人判断。事实上,15世纪的欧洲处于躁动之中,贸易在不断扩大,探险活动不可避免,美洲大陆被发展只是时间的问题。
伊莎贝尔本人的婚姻影响了历史,而她给子女安排的婚姻也基于政治的考虑。她的女儿“疯女”胡安娜被嫁给了神圣罗马皇帝马克西米连之子、尼德兰君主腓力,他们的儿子卡洛斯一世(也称神圣罗马皇帝查理五世),继承了包括西班牙、尼德兰、奥地利在内的庞大帝国。
此外,伊莎贝尔给西班牙奠定了政治统一的基础,并努力在思想上一统西班牙,但她所建立的审判制度却使西班牙境内的知识分子处于困境。从此之后的几个世纪,西欧思想文化界群星璀璨,而西班牙却一片沉寂,因为在审判制度下,任何一种与官方不一致的学说都会被视为异段,而且会受到残酷迫害,甚至是杀身之祸。在这样的社会里,很难有思想家出现。的确,她所建立的西班牙审判制度距今已有5个多世纪,被废止也有近200年了,但西班牙依然不能从它的影响中全面恢复过来。另外,由于南美和中美洲国家沦为了卡斯蒂利亚(西班牙)殖民地。这也意味着卡斯蒂利亚(西班牙)的文化和制度,包括审判制度,扩散到了这些地区。不难想象,由于西班牙的文化发展落后于西欧其他国家,因此,他们在南美的殖民统治,也落后于英国在北美的殖民统治。如果没有她,后来的西班牙也许会是一个多元化的社会。