看个人的兴趣爱好吧，如果你对科研有兴趣的话，就可以考虑这两个专业，其实基础医学的研究到了具体的课题那里分得就不是很清晰了，个人感觉这两个专业有很多交叉，当然从名字来说的话，免疫学的研究偏向分子和蛋白这样较微观的方向，病原生物学就是微生物和寄生虫学，会宏观一些。
读这类专业都需要出国深造，才能有个比较好的前景，我也读这类专业，已经从一所211工程的大学研究生毕业了，可还是只找了份高中教师的职位。我的同学也大部分是这样的出路，或者考上公务员了。
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