中国最早的自然博物馆，是法国天主教传教士于1868在上海徐家汇创办的自然历史博物馆(原称徐家汇博物院)，收藏以动物标本为主。1905年上海自强学会会员张謇在江苏南通创办的"南通博物苑"(自然之部)是中国自建的第一个自然博物馆。抗日战争以前，中国共有200多个各类博物馆，属于自然博物馆性质的约有30个。中华人民共和国成立后博物馆事业迅速发展，到1986年，全国博物馆的总数已近900个，其中属于自然博物馆性质的有400多个。北京、上海、天津等许多大城市都有了规模较大的"自然博物馆"或在博物馆内成立了"自然之部"。此外，还新建了一些专业性的自然科学博物馆，如四川自贡的"恐龙博物馆"及各省的地质、矿物博物馆等。
据统计，全国博物馆总数已达2900家，在文物部门登记注册的民办博物馆达到386个，占全国博物馆总数的13.3%。2009年全国免费开放博物馆纪念馆总数达到1447个，约占文化文物部门归口管理博物馆纪念馆和全国爱国主义教育示范基地总数的76%。
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