次氯酸有强烈的氧化力，能使微生物的酶系蛋白质中的氨基酸氧化分解而失去活性，导致代谢机能障碍而死亡。由于病菌(细菌、真菌(含霉菌)、病毒)大多是原核细胞生物，其酶系多分布于细胞膜表面，易受到次氯酸攻击而失去活性。
人和动物是真核细胞生物，酶系多藏于细胞的胞器内，次氯酸无法直接接触到,并且次氯酸在杀菌过程是透过氧化来瓦解细菌和其他微生物,其生成物是水、氯化钠(盐)、有机糖和微量的二氧化碳等无毒物质，因此，具有无残留、无毒害的特色。
人体自身也会产生次氯酸（是人体免疫系统核心杀菌物质--由人体血液白血球中噬中性球生成的有效杀菌物质之一），当细菌侵入人体内或表皮受损时，白血球会开始作用抵抗外来细菌与病毒，此时白血球就会分泌次氯酸，专门破坏细菌与病毒的细胞壁，让细菌与病毒无法生存，由于与人体机能相同，就是所谓的生物相容性，不具伤害性。并具有杀菌广谱、杀灭力强、安全性高，环保性好、温和便捷等优点。
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