一个公司可以在公安局备案两个公章吗？

只能一个。
1、新成立的企业申请刻制印章，持《营业执照》副本原件和复印件一份、法人（负责人）身份证复印件一份、经办人身份证原件及复印件一份。是分支企业的，还需提供上级单位出具的刻章介绍信、上级单位《营业执照》副本复印件一份；

2、已成立的企业申请刻制部门章或专用章，持企业开具的刻章介绍信、经办人身份证原件及复印件一份（注：2004年1月1日以后成立的单位，其公章未在公安机关备案的，不予受理部门章或专用章备案）；

3、刻制法人章，持《营业执照》副本原件和复印件一份（或《法人证》原件和复印件一份）、法人身份证原件及复印件一份、经办人身份证原件及复印件一份。

只能一个。\x0d\x0a1、新成立的企业申请刻制印章，持《营业执照》副本原件和复印件一份、法人（负责人）身份证复印件一份、经办人身份证原件及复印件一份。是分支企业的，还需提供上级单位出具的刻章介绍信、上级单位《营业执照》副本复印件一份；\x0d\x0a\x0d\x0a2、已成立的企业申请刻制部门章或专用章，持企业开具的刻章介绍信、经办人身份证原件及复印件一份（注：2004年1月1日以后成立的单位，其公章未在公安机关备案的，不予受理部门章或专用章备案）；\x0d\x0a\x0d\x0a3、刻制法人章，持《营业执照》副本原件和复印件一份（或《法人证》原件和复印件一份）、法人身份证原件及复印件一份、经办人身份证原件及复印件一份。

只能备案一个公章（行政公章），至于合同章可以按编号去备案，比如1号 2号等，没限制

不能，只能备案一个。除非一个是合同章，一个是财务章。

严格意义上，内容相同的公章只能有一个。两个都备案成功的话，是公司执行规定不严格、公安部门审核把关不严格的原因。