秋水仙素是作用于细胞间期染色体复制之后，当细胞内的姐妹染色体还未分离时，如果加上秋水仙素，它就会抑制姐妹染色体的分离，如果取一块材料，而处于这些阶段的细胞所占的比例并不多，大多数细胞都是处于细胞分裂的间期。
只有幼苗部分的细胞染色体加倍，根细胞由于没有接触到秋水仙素，所以染色体并没有加倍。
秋水仙素抑制的是有丝分裂过程中纺锤体的形成。在无丝分裂过程中并不形成纺锤体，所以秋水仙素对进行无丝分裂的细胞不起作用，比如胚乳细胞、表皮细胞、根冠。
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