A、一个池塘中的所有生物，只是生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，故不正确．
B、一个池塘中的水，只是非生物部分的水，没有其它非生物部分如阳光、空气等，也没有生物部分，不能构成一个完整的生态系统，故不正确．
C、一个池塘中的所有生物和阳光、空气、水等，既包括了农田所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，故正确．
D、一个池塘中的所有的鱼，只是生物部分的动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，故不正确．
故选C
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