外观、性能、规格和售价均有不同。
具体不同之处在于：
iPhone SE 没有 3D Touch。跟 iPhone 6s 相比，iPhone SE 的显示屏除了尺寸更小、分辨率更低之外，技术方面也有所不如；
iPhone SE 使用的是第一代 Touch ID，在速度和识别精度等方面都无法跟 iPhone 6s 的第二代 Touch ID 相比，但是仍然可以使用 Apple Pay 进行移动支付；
iPhone SE 的前置摄像头只有 120 万像素；
iPhone SE 没有 128GB 版本；
iPhone SE 没有使用 Taptic Engine；
iPhone SE 的续航时间更出色；
iPhone SE 不支持 LTE Advanced 和 MIMO 天线；
iPhone SE 没有激凸的摄像头。
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