A、基因工程所用的工具有限制酶、DNA连接酶和运载体，工具酶只包括限制酶和DNA连接酶，A错误；B、酶具有专一性，一种限制酶只能够识别双链DNA分子的某种特定核苷酸序列，B错误；C、质粒一般来源于原核生物，也可以来自于真核生物，如酵母菌，C错误；D、按照人们的意愿，通过体外DNA重组和转基因等技术定向改造生物的性状，D正确．故选：D．
