看你用什么系统来查重了，如果用知网查重cnkivip.net来检测的话建议不要删除参考文献，不过只要格式对的话知网查重也不会去查重参考文献的。
标题、目录、作者信息不提交，仅提交摘要、关键词、正文和参考文献，避免干扰检测结果。
最主要是你选择的论文查重系统看吧，用不同的查重系统所查重的不一样。
PaperRight论文查重系统的查重提交是需要将参考文献的提交查重的，查重这样会更加精准的，而且在PaperRight论文查重中可以精准的查重到你的参考文献的引用地方
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