根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》（国税发〔2002〕10号）的规定
1. 纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位的主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额；
2. 如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额
按《发票管理办法》的“未按规定保管发票”规定处罚，和遗失空白发票适用同一规定，规定存根联要保存五年，最高处罚10000元，但实际操作中按遗失多少，不会太高。
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