土地使用权登记行政诉讼案件中，被告是设区的市人民政府，一审管辖法院是基层法院还是中级法院?

基层法院
《行政诉讼法》规定：
1、基层人民法院管辖的第一审行政案件

根据《行政诉讼法》第13条的规定，除了法律特别规定应由中级人民法院、高级人民法院、最高人民法院管辖的第一审行政案件外，其余所有的第一审行政案件都由基层人民法院管辖。

2、中级人民法院管辖的第一审行政案件

根据《行政诉讼法》第14条的规定，由中级人民法院管辖的第一审行政案件有：

（1）确认发明专利权的案件、海关处理的案件。由于这两类行政案件的专业技术性强，且专利、海关行政机关的设立大多与中级人民法院的管辖相吻合，因此，法律规定这两类案件由中级人民法院管辖，有利于保证办案质量。

（2）对国务院各部门或者省、自治区、直辖市人民法院所作的具体行政行为提起诉讼的案件。这类案件中作为当事人一方的行政机关的级别较高，由其作出的具体行政行为的专业性、政策性强，影响大，不适合由基层人民法院管辖。

（3）本辖区内重大、复杂的行政案件。这里的“本辖区内重大、复杂的行政案件”主要是指：①经国务院有关部门或省级人民政府复议的行政案件；②有较大社会影响的共同诉讼、集团诉讼行政案件；③涉外或涉港、涉台、涉澳且有较大社会影响的行政案件；④被告为县级或县级以上人民政府或地（市）及省级人民政府所属部门的行政案件；⑤其他重大、复杂的行政案件。

3、高级人民法院管辖的第一审行政案件

高级人民法院管辖本辖区内重大、复杂的第一审行政案件。这类行政案件专指在一个省、自治区、直辖市范围内，案情重大，涉及面广且有重大影响的案件。

4、最高人民法院管辖的第一审行政案件

最高人民法院管辖全国范围内重大、复杂的第一审行政案件。这类案件主要是指对全国有重大影响的行政案件或在国际上有重大影响的涉外行政案件。实践中这种行政案件极少。

　　你所在区的基层法院
　　根据行政诉讼法规定，中级人民法院管辖下列第一审行政案件：
　　1．确认发明专利权的案件和海关处理的案件由中级人民法院作为第一审。
　　确认发明专利权的行政案件，涉及的问题比较复杂，目前也是由北京市中级人民法院审理的，所以行政诉讼法法规定仍由中级人民法院管辖。
　　海关处理的案件包括关税的纳税义务人同海关发生纳税争议，对复议不服的，向人民法院起诉的行政案件和对海关处罚不服，向人民法院起诉的案件，海关处理的纳税案件，具有很强的专业性和技术性，其特点与其他种类案件不同，这些特点决定了海关处理的纳税案件应由中级人民法院作为第一审。
　　2．对国务院各部门或者省、自治区、直辖市人民政府所作的具体行政行为提起诉讼的案件由中级人民法院作为第一审。这样规定主要是从案件重大复杂角度出发的。同时也考虑到这些案件，由基层人民法院审理有一定的困难。一般来说，国务院各部门和省、自治区、直辖市人民政府所作的具体行政行为比较复杂，其涉及的方面和范围比较大，案件的审理的结果对社会产生的影响也比较大，形成案件后对人民法院审理的难度较大。
　　3．本辖区内重大、复杂的行政案件，由中级人民法院作为第一审。

　　你这不属于上述情形，不过你可以先提起行政复议的啊！

两处疑问。
1、“土地使用权登记”这个具体行政行为是国土资源局做出的，首先应当找国土资源局的上一级申请行政复议。(必经程序，不能直接提起行政诉讼。)
2、如果告设区的市级人民政府，司法实践中都是上一级法院管辖,一审至少是高院！
根据你的意思，建议向市级国土资源局申请行政复议。行政复议结果不满意再以做出原具体行政行为的单位为被告向市中院提起行政诉讼。

为了审理行政案件的地方性问题,按照规定县级以上人民政府为被告的行政案件应由中级人民法院审理.但有些省份会将土地登记案件还以基层法院.