A、种子库中贮存的风干种子代谢较弱，但仍能进行细胞呼吸，A错误；B、种子有氧呼吸和无氧呼吸都能产生二氧化碳，因此是否产生二氧化碳不是有氧呼吸和无氧呼吸的区别，B错误；C、高等植物既能进行有氧呼吸，也能进行无氧呼吸，C错误；D、在真核细胞的细胞呼吸中，中间产物丙酮酸的彻底分解是在线粒体中进行的，D正确．故选：D．
