增值税发票的保存方法：
1、完全未使用的增值税发票由发票管理员保管，且必须锁入保险柜内。
2、开具的存根联应当按顺序装订，每50份装订一本（具体多少份要根据公司的规定而定),在每本前打印开具汇总表，加盖封面后装订成册，编号后在一定时间段后存档。
按照规定，一般纳税人必须将经税务机关认证相符、用于抵扣进项税额的增值税专用发票作为记账凭证进入账务处理，不得擅自退还给销售方，并按规定将税款抵扣联装订成册，进行妥善保管，保管期限为5年，保存期满后报经主管国税机关查验之后销毁。
现在大多数都是电子发票了，今年年底专票电子化也会施行；现在需要用系统来归档保存。我们公司目前使用的是费耘发票管理系统。可以把收到的发票查一遍，之后统一放在系统中管理，之后查账或者需要某张发票，都可以快速查到，希望可以帮到你。我记得刚开始有个试用地址。
试用地址：网页链接
下账的有些地方叫“存根联”，有些地方叫“记账联”，入账然后凭证装订，这就算是存档保存了……当然像我的话也做些开票登记，Excel上进行流水登记，备查~
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