A、二氧化碳和水是人体内脂肪和蛋白质共同的代谢终产物，A正确；B、胆固醇属于脂质中的固醇类，蛋白质通过脱氨基会形成含氮部分和不含氮部分，含氮部分在肝脏会形成尿素，因此氮不属于蛋白质的代谢终产物，B错误；C、尿素是蛋白质的代谢终产物，C错误；D、丙酮酸是三大营养物质转化的中间产物，不属于代谢终产物，D错误．故选：A．
